Проект dfg (грант n 436 rus 113/1002/01) «Formal Methods in Design and Analysis of Distributed and Real-Time Systems»

Международные научные связи
В 2012 г. Институт систем информатики имени А.П.Ершова СО РАН осуществлял сотрудничество с зарубежными организациями по следующим темам:
Проект DFG (грант N 436 RUS 113/1002/01)

«Formal Methods in Design and Analysis of Distributed and Real-Time Systems»

Иностранные партнеры: Университет им. Карла фон Осецкого (Ольденбург, Германия) и Университет Бундесвера (Мюнхен, Германия)

Координаторы проекта: Айке Бест, И.Б. Вирбицкайте

Сроки: 2009-2012
Проект «Computable analysis – theoretical and applied aspects», EU—грант № PIRSES-GA-2011-294962

Руководители: Дитер Шприн (Зиген, Германия), Виктор Селиванов (ИСИ СОРАН)

Участник: Коровина М.В.

Сроки: 2012 - 2015
Тема: Поиск сайтов связывания с транскрипционными факторами на последовательностях ДНК

Иностранный партнёр: Biobase, Braunschweig. (Биобэйс, Брауншвейг, Германия).

Координаторы проекта: Стеймайер Ф. (Германия), к.ф.-м.н. Черемушкин Е.С. (ИСИ СО РАН)

Сроки: 2010-2012
Разработана библиотека для поиска сайтов связывания с транскрипционными факторами (специфических фрагментов на ДНК, куда закрепляются регуляторные белки, называемые транскрипционными факторами). Библиотека состоит из трех алгоритмов поиска: прямого поиска, поиска с использованием перестановок и заглядывания вперед и суффиксных массивов. Библиотека ориентирована на большие объемы информации и позволяет производить поиск на последовательностях геномного масштаба с библиотекой из нескольких тысяч матриц.

Разработан прототип веб-ориентированной среды MatchPortal, в которой пользователь имеет возможность загрузить свои последовательности и произвести поиск сайтов связывания с транскрипционными факторами на них. Преимуществом этой системы является обработка данных большого объема. Могут быть обработаны последовательности размера вплоть до генома, что является актуальным в последние годы.
Тема: Алгоритмы идентификации спам-сообщений и пользователей, осуществляющих рассылку спам-сообщений

Иностранный партнер: Microsoft, Московское представительство

Координаторы проекта: Дженнифер Трелевич (США), Мурзин Ф.А. (Россия)

Сроки: 2011-2012
Рассмотрена модель вероятностной идентификации спам-сообщений на основе Марковских цепей. Модель была протестирована на приблизительно 200 тыс. экземплярах спам-сообщений. Предложены алгоритмы идентификации т.н. спам-ботов на основе имен пользователей и наименований почтовых ящиков и др. информации, имеющейся в компании, предоставляющей почтовые сервисы. А именно, рассмотрены вероятностные, энтропийные, лингвистические и логические критерии классификации имен пользователей, дат созданий почтовых ящиков и прочих атрибутов почтовых ящиков. Алгоритмы тестировались на массиве данных, содержащих информацию примерно об 1 млн. 900 тыс. пользователей. Сделаны попытки классификации предоставленных данных. Использовались алгоритмы ForEl, K-means и пр. Разработана система поиска данных в сети Интернет, для обогащения первоначальных данных. Система осуществляет автоматический поиск различной информации в социальных сетях, блогах, анализирует результы работы типовых поисковых машин.
Пономарев Д.К.:

Совместная научная деятельность с факультетом информатики университета Райерсона, г. Торонто, Канада. Работа в качестве приглашенного профессора в период с 15.01.2012 по 26.02.2012.

Исследованы компонентные свойства операций забывания (forgetting) в теориях логики второго порядка и прогрессии (progression) в теориях Ситуационного Исчисления. Подготовлена к печати 1 публикация «Component properties of forgetting and progression in Situation Calculus ».
Организация и проведение международных конференций

• Третий Международный семинар «Семантика, спецификация и верификация программ: теория и приложения» (Third Workshop on Program Semantics, Specification and Verification : Theory and Applications, PSSV 2012)

1-2 июля 2012 г.

Семинар был проведен в Нижнем Новгороде в рамках 7-го Международного симпозиума по компьютерным наукам в России (7th International Computer Science Symposium in Russia, CSR 2012). Семинар был организован ИСИ совместно с Ярославским государственным университетом.